Награждён семью орденами Ленина, орденом Октябрьской революции, орденом Суворова I степени, Кутузова II степени, двумя орденами Трудового Красного Знамени. Имел звание генерал-майора инженерно-танковой службы (1945 г.)
В годы Великой Отечественной войны Ю.Е. Максарёв руководил работой завода в Харькове в условиях приближающего фронта. Когда партийное бюро завода постановило при налётах вражеской авиации не останавливать работу и не спускаться в бомбоубежища, Максарёв сам стал при каждом налёте переходить в цеха, где находился вместе с рабочими. В сентябре 1941 года, когда Харьков был оставлен Красной Армией, он сумел за считанные дни произвести демонтаж и полный вывоз оборудования и производственных запасов на Урал. Там в такие же кратчайшие сроки Максарёв организовал восстановление производства танков.
В феврале 1942 года Максарёв был временно снят с должности, несколько месяцев работал главным инженером Кировского завода в Челябинске.
В 1942 году вернулся в Нижний Тагил главным инженером, а с 1942 по 1946 года был директором Уральского танкового завода № 183 имени Коминтерна (с 1943 года имени И.В. Сталина) в городе Нижний Тагил Свердловской области.
Организовал поточное производство танков, широко внедрял новые сварочные технологии академика Е.О.Патона, также работавшего тогда в Нижнем Тагиле. Завод в годы войны выпустил около 35 тысяч танков Т-34. При этом была решена, казалось бы, невыполнимая задача по повышению жизнеспособности танка (пробег танка, ресурс двигателей и узлов, движение без ремонта).
Указом Президиума Верховного Совета СССР от 20 января 1943 года Максарёву Юрию Евгеньевичу присвоено звание Героя Социалистического Труда за выдающиеся заслуги в освоении производства, конструирования и усовершенствования танков, а также умелое руководство заводами. Ему вручили орден Ленина и золотую медаль «Серп и Молот».